Rektor adalah pembantu menteri dalam menjalankan fungsi pengelolaan ISBI Papua. Rektor memiliki tugas, fungsi, dan kewenangan sebagai berikut.

1. menyusun statuta beserta perubahannya untuk diusulkan kepada menteri;
2. menyusun dan/atau menetapkan kebijakan akademik setelah mendapat pertimbangan senat institut;
3. menyusun dan menetapkan norma akademik setelah mendapat pertimbangan senat institut;
4. menyusun dan menetapkan kode etik sivitas akademika setelah mendapat pertimbangan senat institut;
5. menyusun dan/atau mengubah rencana pengembangan jangka panjang 25 (dua puluh lima) tahun;
6. menyusun dan/atau mengubah rencana strategis 5 (lima) tahun;
7. menyusun rencana kerja dan anggaran tahunan;
8. mengelola pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat sesuai dengan rencana kerja dan anggarak tahunan;
1. mengangkat dan/atau memberhentikan pembantu rektor dan pimpinan unit di bawah rektor berdasarkan ketentuan peraturan perundang-undangan;
10. menjatuhkan sanksi kepada sivitas akademika yang melakukan pelanggaran terhadap norma, etika, dan/atau peraturan akademik berdasarkan rekomendasi senat institut;
11. menjatuhkan sanksi kepada dosen dan tenaga kependidikan yang melakukan pelanggaran sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan;
12. membina dan mengembangkan pendidik dan tenaga kependidikan;
13. menerima, memberhentikan, membina, dan mengambangkan peserta didik;
14. mengelola anggaran sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan;
15. menyelenggarakan sistem informasi manajemen berbasis teknologi informasi dan komunikasi yang handal guna mendukung pengelolaan tri dharma preguruan tinggi, akuntansi dan keuangan, kepersonaliaan, kemahasiswaan, dan kealumnian;
16. menyusun dan menyampaikan laporan pertanggungjawaban penyelenggaraan tri dharma kepada menteri;
17. mengusulkan pengangkatan professor kepada menteri;
18. membina dan mengembangkan hubungan dengan alumni, pemerintah, pemerintah daerah, pengguna hasil kegiatan tri dharma tinggi, dan masyarakat;
19. memelihara keamanan dan ketertiban kampus serta kenyamanan kerja untuk menjamin kelancaran kegiatan tri dharma perguruan tinggi; dan
20. tugas lain sesuai kewenangan.

Rektor diangkat dan diberhentikan oleh menteri. Ketentuan mengenai tata cara pengangkatan dan pemberhentian rektor sebagaimana dimaksud pada ayat (1) diatur dengan peraturan menteri. Rektor dalam melaksanakan tugasnya dibantu oleh tiga pembantu rektor. Pembantu rektor yang dimaksud terdiri atas:

1. Pembantu Rektor I, mempunyai tugas membantu rektor dalam memimpin peaksanaan pendidikan dan pengajaran, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat;
2. Pembantu Rektor II, mempunyai tugas membantu rektor dalam memimpin pelaksanaan kegiatan dibidang administrasi, umum, perencanaan, dan keuangan;
3. Pembantu Rektor III, membantu rektor dalam bidang pembinaan serta pelayanan kesejahteraan mahasiswa dan kerjasama.

Pembantu Rektor dalam melaksanakan tugasnya bertanggung jawab langsung kepada rektor. Pembantu rektor diangkat dan diberhentikan oleh rektor setelah mendapat pertimbangan senat institut. Masa jabatan rektor dan pembantu rektor adalah 4 (empat) tahun, dan dapat diangkat kembali dengan ketentuan tidak boleh lebih dari 2 (dua) kali masa jabatan berturut-turut.

Program Studi mempunyai tugas melaksanakan pendidikan akademik, vokasi, dan/atau professional dalam sebagian atau satu cabang seni dan budaya tertentu. Program Studi dipimpin oleh seorang ketua dan dibantu seorang sekretaris. Ketua dan sekretaris program studi dipilih di antara dosen dan diangkat dan diberhentikan oleh rektor.

Dosen mempunyai tugas utama mentransformasikan, mengembangkan, dan menyebar-luaskan ilmu pengetahuan, teknologi, dan seni melalui pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat. Dosen ISBI Tanah Papua terdiri atas dosen tetap dan dosen tidak tetap. Dosen tetap yang berkerja penuh waktu yang berstatus sebagai tenaga pendidik tetap pada fakultas. Dosen tidak tetap yang bekerja paruh waktu yang berstatus sebagai tenaga pendidik tidak tetap pada fakultas. Jenis dan jenjang kepangkatan dosen diatur sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan yang berlaku. Bagian Tata Usaha merupakan unit pelayanan administrasi di lingkungan fakultas. Bagian Tata Usaha mempunyai tugas melaksanakan administrasi umum, perlengkapan, keuangan, kepegawaian, dan pendidikan di fakultas. Bagian Tata Usaha bertanggung jawab kepada dekan.Bagian Tata Usaha terdiri atas: Subbagian Akademik dan Kemahasiswaan; Subbagian Umum

Subbagian Akademik dan Kemahasiswaan mempunyai tugas melakukan administrasi akademik dan kemahasiswaan, serta alumni. Subbagian umum mempunyai tugas melakukan urusan ketatausahaan, kerumahtanggaan, perlengkapan, kepegawaian, dan keuangan.

Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat selanjutnya disebut LPPM adalah unsur pelaksana sebagian tugas dan fungsi institut di bidang penelitian dan pengabdian kepada masyarakat. Tugas, fungsi, dan wewenang LPPM adalah:

1. melaksanakan, mengkoordinasikan, dan memantau penelitian ilmiah murni dan penciptaan karya seni;
2. melaksanakan, mengkoordinasikan, dan memantau kegiatan pengabdian kepada masyarakat;
3. melaksanakan publikasi hasil penelitian dan penciptaan seni;
4. memberikan bantuan kepada masyarakat dalam melaksanakan pembangunan;
5. pelaksanaan urusan tata usaha lembaga.

LPPM ISBI Tanah Papua dipimpin oleh seorang kepala yang bertanggung jawab langsung kepada rektor. Kepala dalam melaksanakan tugasnya dibantu oleh seorang sekretaris. Ketentuan mengenai Kepala dan Sekretaris LPPM diatur berdasarkan ketentuan peraturan perundang-undangan yang berlaku. Pusat Penelitian mempunyai tugas melaksanakan sebagian tugas LPPM untuk kegiatan penelitian/pengkajian dan kekaryaan seni. Pusat Penelitian terdiri atas sejumlah tenaga akademik dan/atau peneliti yang terbagi dalam beberapa kelompok bidang ilmu.Pusat Penelitian dipimpin oleh seorang kepala yang bertanggung jawab langsung kepada Kepala LPPM.

Pusat Pengabdian Kepada Masyarakat mempunyai tugas melaksanakan sebagian tugas LPPM dalam menyelenggarakan kegiatan pengabdian kepada masyarakat. Pusat Pengabdian Kepada Masyarakat  terdiri atas sejumlah tenaga ahli yang terbagi dalam beberapa kelompok bidang ilmu.Pusat Pengabdian Kepada Masyarakat dipimpin oleh seorang kepala yang bertanggung jawab langsung kepada Kepala LPPM.

Bagian Tata Usaha mempunyai tugas melaksanakan urusan administrasi, keuangan. Perlengkapan, dan kerumahtanggaan, serta penyusunan program dan informasi LPPM. Bagian Tata Usaha terdiri atas: Subbagian Umum; Subbagian Program, Data, dan Informasi. Subbagian Umum mempunyai tugas melakukan urusan tata usaha, rumah tangga, perlengkapan, dan keuangan. Subbagian Program, Data, dan Informasi mempunyai tugas melakukan urusan administrasi program penelitian, pengabdian kepada masyarakat, pengumpulan dan pengolahan data serta layanan informasi.

Bagian Umum mempunyai tugas dan fungsi urusan persuratan dan kearsipan, kerumahtanggaan dan perlengkapan, kehumasan, hukum dan tatalaksana, dan Kepegawaian.

1. Bagian umum terdiri atas:

1. Subbagian Tata Usaha, Rumah Tangga dan Perlengkapan;
2. Subbagian Hukum, Tatalaksana dan Humas; dan
3. Subbagian Kepegawaian.

Bagian Perencanaan dan Keuangan mempunyai tugas dan fungsi pelaksanaan administrasi perencanaan dan keuangan. Bagian Perencanaan dan Keuangan terdiri atas:

Subbagian Perencanaan; dan Subbagian Keuangan

Bagian Kesembilan, Unit Pelaksana Teknis (UPT) di lingkungan ISBI Tanah Papua terdiri atas: Perpustakaan; Pusat Komputer; Penerbitan; Ajang Gelar dan Pameran; Pusat Dokumentasi Seni dan Budaya. Unit Pelaksana Teknis dipimpin oleh seorang kepala yang diangkat dan diberhentikan oleh rektor.

Perpustakaan merupakan unit pelaksana teknis yang menyediakan layanan bahan pustaka dan audio visual untuk keperluan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat. Perpustakaan terdiri dari kepala, tenaga pustakawan, dan Subbagian Tata Usaha.

1. Pusat Komputer merupakan unit pelaksana teknis yang memberi layanan komputerisasi di bidang akademik dan administrasi, pengumpulan dan pengolahan data, serta penyusunan dokumen dan/atau bahan informasi.
2. Pusat Komputer terdiri dari kepala, programmer, operator, dan Subbagian Tata Usaha.

Penerbitan merupakan unit pelaksana teknis yang mempunyai tugas menerbitkan buku, diktat, jurnal, majalah, koran, dan karya seni berupa rekaman audio visual. Penerbitan terdiri atas kepala, redaksi, dan Subbagian tata Usaha. Ajang gelar dan Pameran merupakan unit pelaksana teknis yang mempunyai tugas menyelenggarakan pergelaran, pameran hasil studi dan/atau penciptaan seni dan dan memberikan informasi kegiatan aktual, kekaryaan dan/atau penelitian seni kepada masyarakat. Ajang Gelar dan Pameran terdiri atas kepala, kelompok tenaga ahli, teknisi, dan Subbagian Tata Usaha.

Pusat Dokumentasi Seni dan Budaya merupakan unsure pelaksana teknis yang mempunyai tugas menangani koleksi perangkat keras cabang-cabang seni untuk memperluas dan memperdalam pengetahuan sivitas akademika. Pusat Dokumentasi Seni dan Budaya terdiri atas kepala, kelompok tenaga ahli dan teknisi, dan Subbagian Tata Usaha. Untuk mengendalikan pelaksanaan tugas dan fungsi ISBI Tanah Papua maka dibentuk sistem pengawasan dan pengendalian internal.Sistem pengawasan dan pengendalian terdiri atas dua bidang, yaitu pengawasan dan pengendalian bidang akademik dan bidang non akademik.

Program Studi yang ditawarkan di ISBI Tanah Papua untuk Program Sarjana (S1) berjumlah 5 Program Studi. Sistem penerimaan mahasiswa baru ISBI Tanah Papua diatur dalam Peraturan Rektor Nomor 12 tahun 2014, selanjutnya secara teknis dituangkan dalam Buku Panduan Sistem Seleksi Penerimaan Mahasiswa baru ISBI Tanah Papua  secara manual. Di dalam sistem penerimaan ini diatur mengenai tata cara dan persyaratan yang harus dipenuhi oleh calon mahasiswa baru untuk mengikuti seleksi dan juga persyaratan bagi calon mahasiswa yang dinyatakan lulus seleksi. Jumlah mahasiswa yang mendaftar dan mahasiswa yang diterima di ISBI Tanah Papua terus mengalami peningkatan, namun beberapa fakultas menunjukkan daya tampung yang belum optimal. Pada tahun 2017, jumlah mahasiswa yang mendaftar di ISBI Tanah Papua cukup sebanyak 8 orang. Jumlah yang diterima sama dengan yang mendaftar dan dari daya tampung masih belum memadahi. Pengembangan minat dan bakat, kegiatan-kegiatan yang dilakukan oleh mahasiswa ISBI Tanah Papua dapat dikelompokkan atas empat bidang, yaitu: 1) Bidang Penalaran dan Kegiatan Penguasaan Ilmu, 2) Bidang Minat dan Kegemaran Mahasiswa, 3) Bidang Kesejahteraan Mahasiswa, dan 4) Bhakti Sosial. Tujuannya adalah untuk memenuhi dan melayani kebutuhan mahasiswa.